Hola Pepe.
Partiendo de la base que un motor con esas horas es un motor practicamente nuevo, te digo lo que yo haria por este orden.
Que sepas que cambiar un turbo con tan pocas horas es una animalada, pero es la respuesta facil del mecanico.
En todo caso y con un motor con 1000 horas o mas, se desmonta el turbo y se lleva a limpiar.
Has cambiado el filtro de gasoil del motor y del circuito?? El cartucho del filtro del circuito de combustible va por micras.
Fijate que sea exactamente el mismo que llevaba de origen.
Comprueba que esten bien abiertas las llaves de paso de gasoil.
Si llevas un cartucho o espuma de filtro de aire, limpialo.
Comprueba el reglaje de valvulas. Es importante.
Si sigue el problema de humo negro y olor a gasoil mal quemado, yo desmontaria los inyectores y los llevaria a comprobar.
Puede ser que uno de ellos no pulverice bien. No es tarea dificil, y hay talleres especializados que tienen la maquina para comprobarlos. Puede ser que sea esto. Pero no se te ocurra cambiarlos por cambiarlos. Llevalos a comprobar primero.
Si sigue tu problema dimelo que te te dire mas pasos a seguir.