El mío se cambió fuera del agua, aunque la verdad, creo que mas que nada porque la grua no llegaba hasta el motor desde tierra, de todas maneras siempre es mas seguro hacerlo varado que en el agua. No te preocupes por los prensa-estopa porque sólo sacan el motor, las cajas de cambio se quedan en el barco y los macho fondo llevan su propia llave, se cierran y punto.
Respecto al cambio en la estabilidad, una vez saques un motor, el efecto sería como poner 3/4 personas en una banda, en un barco como el nuestro no se nota demasiado, eso si, el de la grua debe ser un manitas para hacer esa operación y no golpear nada, porque si está en el agua y con esos cambios de peso, siempre habrá balanceo con el consiguiente peligro de golpear algo, saludos